Werner Lindman tuli ylioppilaaksi 1873, valmistui filosofian kandidaatiksi ja maisteriksi 1877, lääketieteen kandidaatiksi 1879 ja lääketieteen lisensiaatiksi 1883. Pudasjärven piirin piirilääkärinä hän oli vuodesta 1884, ja Kalajoen piirin piirilääkäriksi hän tuli 1891. Opiskeluaikanaan hän oli Helsingin yliopiston fysiologisen laitoksen laboraattori 1878–80 ja toimi Helsingin yleisen sairaalan silmätautien osaston assistenttina 1883–84. Hän kuului Duodecim-seuran perustajiin 1881. Lindmanin kuoleman jälkeen hänen leskensä lahjoitti vainajan toivomuksen mukaisesti Helsingin yliopistolle ”tohtori Walter Lindmanin kokoelman” nimellä säilytettäväksi Lindmanin erittäin arvokkaan munakokoelman.