Koulun päärakennuksen, johon kuului ruokasali, voimistelusali, veistohuone ja opettajan asunto, valmistuminen venyi siten, että koulu voitiin aloittaa vasta marraskuun 8. päivänä 1894. Avajaistilaisuus oli varsin vaatimaton, kuten sanomalehti Kaiku sitä kuvasi:
”Toimitus aloitettiin rukouksella, jonka kuin myös avauspuheen sen jälkeen toimitti kirkkoherra H. Schwartzberg. Koulutaipaleen aloitti 38 oppilasta, jotka olivat iältään yli kymmenvuotiaita ja kotoisin eri kyliltä.”
Johtokunta oli jo ennen koulun alkamista päättänyt hankkia opetusvälineiksi muun muassa ympyriäisen, seinällä pidettävän pallokartan sekä tarpeelliset kirjat. Myöhemmin hankittiin vielä työkalusto, Mäkisen mallikokoelma, kolme höyläpenkkiä ja urkuharmoni, joka rahoitettiin arpajaistuloilla. Opetusvälineet osoittautuivat kuitenkin puutteellisiksi jo siihen aikaan. Tämä, yhdessä opettajainvaihdosten sekä keskeneräisten opetustilojen kanssa, vaikeutti suuresti koulun alkuvuosien toimintaa.
Vasta kahdeksannen lukuvuoden alussa kouluun saatiin ensimmäinen pätevä opettaja. Hän oli Rauman seminaarista valmistunut J. L. Niiranen. Näihin aikoihin koulun oppilasmäärä oli yli 50. Näin suurelle oppilasmäärälle koulutilat olivat todella riittämättömät. Tarkastajat huomauttivatkin kuntaa toistuvasti 1910-luvun alkupuolella koulutilojen ja koulun pihan puutteellisuuksista. Erityisesti tarkastaja Jaakko Laurila moitti johtokuntaa korjaustöiden laiminlyönneistä ja kiirehti kirkonkylää toimiin, mutta turhaan. Laudoituksen ja maalaustöiden venyessä kouluhuoneisto vähitellen rappeutui. Ainoa parannus saatiin vuonna 1917, kun Oy Valaistus lahjoitti koululle 40 kirjaa käsittävän kirjaston.
Koulun johtokunta oli tehnyt ensimmäiset ehdotuksensa koulutilojen laajentamisesta jo vuonna 1897. Oppilasmäärä oli vaihdellut 22:sta 57:ään ja tämä, yhdessä kunnanisien säästämisinnon kanssa, siirsi kouluremontin aina vuoteen 1921. Tätä ennen, vuonna 1919, koulu muuttui kaksiopettajaiseksi. Johtokunta valitsi virkaan rouva Aada Eerika Mannermaan ja esitti valtuustolle veistosalin muuttamista luokkahuoneeksi. Koulun oppilasmäärä oli kohonnut jo 62:een.
Kansakoulun laajennustöihin ryhdyttiin oppivelvollisuuslain voimaantultua vuonna 1921. Tällöin kouluun rakennettiin toinen kerros. Vaikka kunnassa oli tuolloin suunnitteilla ja työn alla kolme muuta koulurakennusta, laajennus valmistui jo syksyllä 1922. Kellaria lukuun ottamatta koulu oli valmis kahdelle opettajalle.
Alkuvuosina kansakoulut olivat ns. ylempiä kansakouluja, joista puuttui alkeisopetus. Pääsyvaatimuksena oli sisälukutaidon hallitseminen, joten alkuopetuksesta vastuun joutuivat edelleen kantamaan koti ja kirkko. Vuonna 1889 kansakouluasetukseen tehtiin muutos, joka mahdollisti ns. pikkulasten opetuksen syksyisin ja keväisin tähtäimenä koulun aloittaminen syksyllä.
Ensimmäinen pienten lasten koulu aloitti Kestilässä 5.8.1895. Oppilaita oli 22, ja opetusta annettiin neljänä viikkona 24 tuntia viikossa. Tilanpuutteen vuoksi ylempi kansakoulu aloitettiin vasta pienten jälkeen. Vuosisadan vaihteessa opetusta annettiin sekä syksyllä että keväällä, normaalisti vain syksyisin. Oppiaineina olivat laskento, kirjoitus, uskonto ja laulu. Lisäksi piirustus ja leikki vuorottelivat vuosittain. Koulu toimi viimeisen kerran syksyllä 1920.
Vuonna 1921 oppivelvollisuuslain myötä alkuopetuksen ongelmat selvisivät. Lain mukaan koulussa tuli olla kuusi luokkaa, joista kaksi alinta muodostivat alakansakoulun ja loput neljä yläkansakoulun. Molemmissa osastoissa opettaisivat eri opettajat.
Alakansakoulutoiminta Kestilässä alkoi 13.11.1925. Opettajaksi saatiin alakansakoulunopettaja Aino Turunen. Kokonaisuudessaan oppivelvollisuus astui voimaan seuraavana vuonna.
Oppilasmäärien lisääntyessä johtokunta joutui jälleen miettimään uusia tila- ja opettajaratkaisuja. Vuonna 1939 se neuvotteli pitkämatkalaisten vanhempien kanssa oppivelvollisuuden aloittamisesta vuotta myöhemmin, jotta oppilasmäärä jäisi sallittuun neljäänkymmeneen.
Sota toi siirtolaisia myös Kestilään, ja oppilasmäärät kasvoivat edelleen. Tarvittiin toinen alakansakoulunopettaja. Virka perustettiin johtokunnan pyynnöstä ja täytettiin vuonna 1940. Normaali työjärjestys rikkoontui opettaja Väinö Nissisen ollessa sodassa syyslukukauden 1941. Opettaja-apua saatiin kuitenkin jo paikalla olevista sekä siirtolaisina tulleista pätevistä opettajista. Sivuseikkana mainittakoon, että muun muassa kirjailija Kalle Päätalon kotiväki Taivalkoskelta oli evakossa tuohon aikaan Kestilän Hyvölänrannalla.
Tarkastaja A. A. Murto kehotti kuntaa rakentamaan uuden koulurakennuksen käydessään vuonna 1954 Kestilässä. Suurten ikäluokkien tultua kouluikään vanhat tilat kävivät ahtaiksi. Uudeksi rakennuspaikaksi kaavailtiin muun muassa Pääskylän tonttia. Johtokunta jätti tämän kansakoululautakunnan ja kunnanvaltuuston harkittavaksi. Samana vuonna koulun oppilasmäärä edellytti viidennen opettajan viran perustamista. Tarvittava lisätila vuokrattiin Väinö Helanderilta.
Kokouksessaan kesällä 1956 johtokunta totesi viran olevan edelleen täyttämättä ja julisti uuden hakuajan alkaneeksi yhdessä kuudennen opettajan viran kanssa. Hakuilmoituksessa houkuttimina käytettiin muun muassa mainintoja 10—15 prosentin syrjäseutulisästä ja uudesta koulutalon rakennushankkeesta.
Uusi tontti ostettiin Kestilän seurakunnalta. Elokuussa 1956 valtuusto hyväksyi E. Niemelän piirustukset, ja lokakuussa urakka annettiin V. E. Kankaalle.
Kirkonkylän koulu toimi 6-opettajaisena vuodesta 1956 vuoteen 1978, jolloin oppilasmäärät edellyttivät enää viittä opettajaa. Vuonna 1994 koulu toimii 4-opettajaisena, mutta tulevaisuudessa häämöttää yhden uuden viran perustaminen.